Mus musculus Protein: Rag1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-193192.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Rag1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | recombination activating gene 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Rag-1; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSMUSP00000077584 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-193190 (Rag1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Catalytic component of the RAG complex, a multiprotein complex that mediates the DNA cleavage phase during V(D)J recombination. V(D)J recombination assembles a diverse repertoire of immunoglobulin and T-cell receptor genes in developing B and T- lymphocytes through rearrangement of different V (variable), in some cases D (diversity), and J (joining) gene segments. In the RAG complex, RAG1 mediates the DNA-binding to the conserved recombination signal sequences (RSS) and catalyzes the DNA cleavage activities by introducing a double-strand break between the RSS and the adjacent coding segment. RAG2 is not a catalytic component but is required for all known catalytic activities. DNA cleavage occurs in 2 steps: a first nick is introduced in the top strand immediately upstream of the heptamer, generating a 3'- hydroxyl group that can attack the phosphodiester bond on the opposite strand in a direct transesterification reaction, thereby creating 4 DNA ends: 2 hairpin coding ends and 2 blunt, 5'- phosphorylated ends. The chromatin structure plays an essential role in the V(D)J recombination reactions and the presence of histone H3 trimethylated at 'Lys-4' (H3K4me3) stimulates both the nicking and haipinning steps. The RAG complex also plays a role in pre-B cell allelic exclusion, a process leading to expression of a single immunoglobulin heavy chain allele to enforce clonality and monospecific recognition by the B-cell antigen receptor (BCR) expressed on individual B-lymphocytes. The introduction of DNA breaks by the RAG complex on one immunoglobulin allele induces ATM-dependent repositioning of the other allele to pericentromeric heterochromatin, preventing accessibility to the RAG complex and recombination of the second allele. In addition to its endonuclease activity, RAG1 also acts as a E3 ubiquitin-protein ligase that mediates monoubiquitination of histone H3. Histone H3 monoubiquitination is required for the joining step of V(D)J recombination. Mediates polyubiquitination of KPNA1. {ECO:0000269PubMed:10601032, ECO:0000269PubMed:10678172, ECO:0000269PubMed:12629039, ECO:0000269PubMed:14671314, ECO:0000269PubMed:17028591, ECO:0000269PubMed:19118899, ECO:0000269PubMed:19396172, ECO:0000269PubMed:19448632, ECO:0000269PubMed:19524534, ECO:0000269PubMed:20122409, ECO:0000269PubMed:22157821, ECO:0000269PubMed:2598259, ECO:0000269PubMed:8521468, ECO:0000269PubMed:9094713}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus {ECO:0000255PROSITE- ProRule:PRU00820, ECO:0000269PubMed:8284210}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | Maturing lymphoid cells and central nervous system. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 22 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 16 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | MGI:97848 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR001841
Zinc finger, RING-type IPR019485 Zinc finger, V(D)J recombination-activating protein 1 |
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PFAM |
PF13639
PF14634 PF10426 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
PIRSF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00184
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | P15919 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-P15919 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | Q99NN8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 19373 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.828 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_033045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI ID | 3GNB | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | Rag1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS16463 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AK087946 AK088725 AL929569 AY011883 AY241462 BC138342 CH466519 M29475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAA40028 AAG38401 AAI38343 AAP76401 BAC40054 BAC40529 CAM20888 EDL27655 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||