Mus musculus Protein: Supt6h | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Summary | |||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-202418.6 | ||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Supt6h | ||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | suppressor of Ty 6 homolog (S. cerevisiae) | ||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 5131400N11Rik; AI132449; mKIAA0162; SPT6; Supt6h; | ||||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSMUSP00000002121 | ||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-202416 (Supt6h) | ||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||
Function | Transcription elongation factor which binds histone H3 and plays a key role in the regulation of transcription elongation and mRNA processing. Enhances the transcription elongation by RNA polymerase II (RNAPII) and is also required for the efficient activation of transcriptional elongation by the HIV-1 nuclear transcriptional activator, Tat. Besides chaperoning histones in transcription, acts to transport and splice mRNA by forming a complex with IWS1 and the C-terminal domain (CTD) of the RNAPII subunit RPB1 (POLR2A). The SUPT6H:IWS1:CTD complex recruits mRNA export factors (ALYREF/THOC4, EXOSC10) as well as histone modifying enzymes (such as SETD2), to ensure proper mRNA splicing, efficient mRNA export and elongation-coupled H3K36 methylation, a signature chromatin mark of active transcription. SUPT6H via its association with SETD1A, regulates both class-switch recombination and somatic hypermutation through formation of H3K4me3 epigenetic marks on activation-induced cytidine deaminase (AICDA) target loci. Promotes the activation of the myogenic gene program by entailing erasure of the repressive H3K27me3 epigenetic mark through stabilization of the chromatin interaction of the H3K27 demethylase KDM6A. {ECO:0000269PubMed:17234882, ECO:0000269PubMed:21518874, ECO:0000269PubMed:22843687, ECO:0000269PubMed:23503590}. | ||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus {ECO:0000305}. | ||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | Ubiquitously expressed. | ||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 14 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 18 interaction(s) predicted by orthology.
|
||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
|
||||||||||||||||||||||||||
Biological Process |
|
||||||||||||||||||||||||||
Cellular Component |
|
||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | MGI:107726 | ||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR000980
SH2 domain IPR003029 Ribosomal protein S1, RNA-binding domain IPR006641 YqgF/RNase H-like domain IPR012340 Nucleic acid-binding, OB-fold IPR017072 Transcription elongation factor Spt6 IPR022967 RNA-binding domain, S1 |
||||||||||||||||||||||||||
PFAM |
PF00017
PF14633 PF00575 |
||||||||||||||||||||||||||
PRINTS |
PR00401
|
||||||||||||||||||||||||||
PIRSF |
PIRSF036947
|
||||||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00252
SM00732 SM00316 |
||||||||||||||||||||||||||
TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q62383 | ||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-Q62383 | ||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | Q3UWU8 | ||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 20926 | ||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.20755 | ||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_033323 | ||||||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | Supt6 | ||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS25095 | ||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AK046156 AK129069 AK136094 AK158846 AL591070 BC072657 U40375 | ||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAB18950 AAH72657 BAC32616 BAC97879 BAE22816 BAE34691 CAI24323 | ||||||||||||||||||||||||||