Homo sapiens Protein: KDM1A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-228833.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | KDM1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | lysine (K)-specific demethylase 1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | AOF2; BHC110; KDM1; LSD1; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000383042 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-93808 (KDM1A) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Histone demethylase that demethylates both 'Lys-4' (H3K4me) and 'Lys-9' (H3K9me) of histone H3, thereby acting as a coactivator or a corepressor, depending on the context. Acts by oxidizing the substrate by FAD to generate the corresponding imine that is subsequently hydrolyzed. Acts as a corepressor by mediating demethylation of H3K4me, a specific tag for epigenetic transcriptional activation. Demethylates both mono- (H3K4me1) and di-methylated (H3K4me2) H3K4me. May play a role in the repression of neuronal genes. Alone, it is unable to demethylate H3K4me on nucleosomes and requires the presence of RCOR1/CoREST to achieve such activity. Also acts as a coactivator of androgen receptor (ANDR)-dependent transcription, by being recruited to ANDR target genes and mediating demethylation of H3K9me, a specific tag for epigenetic transcriptional repression. The presence of PRKCB in ANDR-containing complexes, which mediates phosphorylation of 'Thr- 6' of histone H3 (H3T6ph), a specific tag that prevents demethylation H3K4me, prevents H3K4me demethylase activity of KDM1A. Demethylates di-methylated 'Lys-370' of p53/TP53 which prevents interaction of p53/TP53 with TP53BP1 and represses p53/TP53-mediated transcriptional activation. Demethylates and stabilizes the DNA methylase DNMT1. Required for gastrulation during embryogenesis. Component of a RCOR/GFI/KDM1A/HDAC complex that suppresses, via histone deacetylase (HDAC) recruitment, a number of genes implicated in multilineage blood cell development. Effector of SNAI1-mediated transcription repression of E- cadherin/CDH1, CDN7 and KRT8. Required for the maintenance of the silenced state of the SNAI1 target genes E-cadherin/CDH1 and CDN7. {ECO:0000269PubMed:12032298, ECO:0000269PubMed:15620353, ECO:0000269PubMed:16079795, ECO:0000269PubMed:17805299, ECO:0000269PubMed:20228790, ECO:0000269PubMed:20562920}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus {ECO:0000269PubMed:11102443, ECO:0000269PubMed:16079795}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | Ubiquitously expressed. {ECO:0000269PubMed:16079795}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 522 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 17 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR001327
Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, NAD-binding domain IPR002937 Amine oxidase IPR003953 FAD binding domain IPR006076 FAD dependent oxidoreductase IPR007526 SWIRM domain IPR009057 Homeodomain-like IPR017366 Histone lysine-specific demethylase |
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PFAM |
PF00070
PF01593 PF00890 PF01266 PF04433 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PIRSF |
PIRSF038051
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SMART | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | O60341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-O60341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 23028 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.591518 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_001009999 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:29079 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 609132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS53278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 09800 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AB011173 AL031428 AL833812 BC016639 BC025362 BC040194 BC048134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAH16639 AAH25362 AAH40194 AAH48134 BAA25527 CAD38675 CAI19707 CAI19708 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||