Homo sapiens Protein: XRCC5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-246273.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | XRCC5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 (double-strand-break rejoining) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | KARP-1; KARP1; KU80; Ku86; KUB2; NFIV; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000375978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-80616 (XRCC5) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Single-stranded DNA-dependent ATP-dependent helicase. Has a role in chromosome translocation. The DNA helicase II complex binds preferentially to fork-like ends of double-stranded DNA in a cell cycle-dependent manner. It works in the 3'-5' direction. Binding to DNA may be mediated by XRCC6. Involved in DNA non-homologous end joining (NHEJ) required for double-strand break repair and V(D)J recombination. The XRCC5/6 dimer acts as regulatory subunit of the DNA-dependent protein kinase complex DNA-PK by increasing the affinity of the catalytic subunit PRKDC to DNA by 100-fold. The XRCC5/6 dimer is probably involved in stabilizing broken DNA ends and bringing them together. The assembly of the DNA-PK complex to DNA ends is required for the NHEJ ligation step. In association with NAA15, the XRCC5/6 dimer binds to the osteocalcin promoter and activates osteocalcin expression. The XRCC5/6 dimer probably also acts as a 5'- deoxyribose-5-phosphate lyase (5'-dRP lyase), by catalyzing the beta-elimination of the 5' deoxyribose-5-phosphate at an abasic site near double-strand breaks. XRCC5 probably acts as the catalytic subunit of 5'-dRP activity, and allows to 'clean' the termini of abasic sites, a class of nucleotide damage commonly associated with strand breaks, before such broken ends can be joined. The XRCC5/6 dimer together with APEX1 acts as a negative regulator of transcription. {ECO:0000269PubMed:12145306, ECO:0000269PubMed:20383123, ECO:0000269PubMed:7957065, ECO:0000269PubMed:8621488}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus. Nucleus, nucleolus. Chromosome. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 241 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 7 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR002035
von Willebrand factor, type A IPR005160 Ku70/Ku80 C-terminal arm IPR005161 Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta IPR006164 Ku70/Ku80 beta-barrel domain IPR014893 Ku, C-terminal IPR016194 SPOC like C-terminal domain |
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PFAM |
PF00092
PF03730 PF03731 PF02735 PF08785 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PIRSF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00327
SM00559 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | P13010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-P13010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | Q53TC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 7520 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.597412 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | XP_005246893 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:12833 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 194364 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS2402 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 08935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AC010686 AC012513 AK222603 AK290740 BC019027 BC095442 CH471063 DQ787434 J04977 M30938 X57500 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAA36154 AAA59475 AAH19027 AAH95442 AAY14659 AAY24231 ABG46942 BAD96323 BAF83429 CAA40736 EAW70562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||