Version 5.4
| Mus musculus Protein: Kdm5b | |||||||||||||||||||||||
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| Summary | |||||||||||||||||||||||
| InnateDB Protein | IDBP-256490.6 | ||||||||||||||||||||||
| Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
| Gene Symbol | Kdm5b | ||||||||||||||||||||||
| Protein Name | lysine (K)-specific demethylase 5B | ||||||||||||||||||||||
| Synonyms | 2010009J12Rik; 2210016I17Rik; AW556288; D1Ertd202e; Jarid1b; mKIAA4034; PLU-1; Plu1; PUT1; Rb-Bp2; RBBP2H1A; | ||||||||||||||||||||||
| Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||
| Ensembl Protein | ENSMUSP00000107817 | ||||||||||||||||||||||
| InnateDB Gene | IDBG-193931 (Kdm5b) | ||||||||||||||||||||||
| Protein Structure |
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| UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||
| Function | Histone demethylase that demethylates 'Lys-4' of histone H3, thereby playing a central role in histone code. Does not demethylate histone H3 'Lys-9' or H3 'Lys-27'. Demethylates trimethylated, dimethylated and monomethylated H3 'Lys-4'. Acts as a transcriptional corepressor for FOXG1B and PAX9. {ECO:0000269PubMed:17310255, ECO:0000269PubMed:17320160}. | ||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | Nucleus {ECO:0000255PROSITE- ProRule:PRU00355, ECO:0000255PROSITE-ProRule:PRU00537, ECO:0000269PubMed:14579128}. | ||||||||||||||||||||||
| Disease Associations | |||||||||||||||||||||||
| Tissue Specificity | Present at highest levels in testis, where it is enriched in spermatogonia and pachytene cells (at protein level). {ECO:0000269PubMed:12237901, ECO:0000269PubMed:14516692, ECO:0000269PubMed:14579128}. | ||||||||||||||||||||||
| Comments | |||||||||||||||||||||||
| Interactions | |||||||||||||||||||||||
| Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 6 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 62 interaction(s) predicted by orthology.
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| Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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| Biological Process |
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| Cellular Component |
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| Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||
| PDB ID | MGI:1922855 | ||||||||||||||||||||||
| InterPro |
IPR001606
ARID/BRIGHT DNA-binding domain IPR001965 Zinc finger, PHD-type IPR003347 JmjC domain IPR003349 Transcription factor jumonji, JmjN IPR004198 Zinc finger, C5HC2-type IPR011011 Zinc finger, FYVE/PHD-type IPR013637 Lysine-specific demethylase-like domain IPR019787 Zinc finger, PHD-finger |
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| PFAM |
PF01388
PF02373 PF08007 PF02375 PF02928 PF08429 PF00628 |
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| PRINTS | |||||||||||||||||||||||
| PIRSF | |||||||||||||||||||||||
| SMART |
SM00501
SM00249 SM00558 SM00545 |
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| TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||
| Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||
| Modification | |||||||||||||||||||||||
| Cross-References | |||||||||||||||||||||||
| SwissProt | Q80Y84 | ||||||||||||||||||||||
| PhosphoSite | PhosphoSite-Q80Y84 | ||||||||||||||||||||||
| TrEMBL | |||||||||||||||||||||||
| UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
| Entrez Gene | 75605 | ||||||||||||||||||||||
| UniGene | |||||||||||||||||||||||
| RefSeq | |||||||||||||||||||||||
| MGI ID | 2EQY | ||||||||||||||||||||||
| MGI Symbol | Kdm5b | ||||||||||||||||||||||
| OMIM | |||||||||||||||||||||||
| CCDS | |||||||||||||||||||||||
| HPRD | |||||||||||||||||||||||
| IMGT | |||||||||||||||||||||||
| EMBL | AK041304 AK220451 AY082429 AY082430 BC048180 BC057318 | ||||||||||||||||||||||
| GenPept | AAH48180 AAH57318 AAL92848 AAL92849 BAC30898 BAD90482 | ||||||||||||||||||||||