Homo sapiens Protein: LIG4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-293708.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | LIG4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | ligase IV, DNA, ATP-dependent | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | LIG4S; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000385955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-49744 (LIG4) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Efficiently joins single-strand breaks in a double- stranded polydeoxynucleotide in an ATP-dependent reaction. Involved in DNA non-homologous end joining (NHEJ) required for double-strand break repair and V(D)J recombination. The LIG4-XRCC4 complex is responsible for the NHEJ ligation step, and XRCC4 enhances the joining activity of LIG4. Binding of the LIG4-XRCC4 complex to DNA ends is dependent on the assembly of the DNA- dependent protein kinase complex DNA-PK to these DNA ends. {ECO:0000269PubMed:10854421, ECO:0000269PubMed:9809069}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | LIG4 syndrome (LIG4S) [MIM:606593]: Characterized by immunodeficiency and developmental and growth delay. Patients display unusual facial features, microcephaly, growth and/or developmental delay, pancytopenia, and various skin abnormalities. {ECO:0000269PubMed:11779494}. Note=The disease is caused by mutations affecting the gene represented in this entry.Severe combined immunodeficiency autosomal recessive T- cell-negative/B-cell-negative/NK-cell-positive with sensitivity to ionizing radiation (RSSCID) [MIM:602450]: A form of severe combined immunodeficiency, a genetically and clinically heterogeneous group of rare congenital disorders characterized by impairment of both humoral and cell-mediated immunity, leukopenia, and low or absent antibody levels. Patients present in infancy with recurrent, persistent infections by opportunistic organisms. The common characteristic of all types of SCID is absence of T- cell-mediated cellular immunity due to a defect in T-cell development. Individuals affected by RS-SCID show defects in the DNA repair machinery necessary for coding joint formation and the completion of V(D)J recombination. A subset of cells from such patients show increased radiosensitivity. Note=The disease is caused by mutations affecting the gene represented in this entry. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | Testis, thymus, prostate and heart. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 160 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 3 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR000977
DNA ligase, ATP-dependent IPR001357 BRCT domain IPR012308 DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal IPR012309 DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal IPR012310 DNA ligase, ATP-dependent, central IPR012340 Nucleic acid-binding, OB-fold IPR021536 DNA ligase IV domain |
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PFAM |
PF00533
PF12738 PF04675 PF04679 PF01068 PF11411 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PIRSF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00292
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | P49917 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-P49917 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | A0A024RE06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 3981 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.625105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_001091738 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:6601 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 601837 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS9508 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 03500 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AF479264 AL157762 BC037491 CH471085 X83441 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAH37491 AAL77435 CAA58467 CAH70629 EAX09094 EAX09095 EAX09096 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||