Homo sapiens Protein: KDM1A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-93810.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | KDM1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | lysine (K)-specific demethylase 1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | AOF2; BHC110; KDM1; LSD1; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000349049 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-93808 (KDM1A) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Histone demethylase that demethylates both 'Lys-4' (H3K4me) and 'Lys-9' (H3K9me) of histone H3, thereby acting as a coactivator or a corepressor, depending on the context. Acts by oxidizing the substrate by FAD to generate the corresponding imine that is subsequently hydrolyzed. Acts as a corepressor by mediating demethylation of H3K4me, a specific tag for epigenetic transcriptional activation. Demethylates both mono- (H3K4me1) and di-methylated (H3K4me2) H3K4me. May play a role in the repression of neuronal genes. Alone, it is unable to demethylate H3K4me on nucleosomes and requires the presence of RCOR1/CoREST to achieve such activity. Also acts as a coactivator of androgen receptor (ANDR)-dependent transcription, by being recruited to ANDR target genes and mediating demethylation of H3K9me, a specific tag for epigenetic transcriptional repression. The presence of PRKCB in ANDR-containing complexes, which mediates phosphorylation of 'Thr- 6' of histone H3 (H3T6ph), a specific tag that prevents demethylation H3K4me, prevents H3K4me demethylase activity of KDM1A. Demethylates di-methylated 'Lys-370' of p53/TP53 which prevents interaction of p53/TP53 with TP53BP1 and represses p53/TP53-mediated transcriptional activation. Demethylates and stabilizes the DNA methylase DNMT1. Required for gastrulation during embryogenesis. Component of a RCOR/GFI/KDM1A/HDAC complex that suppresses, via histone deacetylase (HDAC) recruitment, a number of genes implicated in multilineage blood cell development. Effector of SNAI1-mediated transcription repression of E- cadherin/CDH1, CDN7 and KRT8. Required for the maintenance of the silenced state of the SNAI1 target genes E-cadherin/CDH1 and CDN7. {ECO:0000269PubMed:12032298, ECO:0000269PubMed:15620353, ECO:0000269PubMed:16079795, ECO:0000269PubMed:17805299, ECO:0000269PubMed:20228790, ECO:0000269PubMed:20562920}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus {ECO:0000269PubMed:11102443, ECO:0000269PubMed:16079795}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | Ubiquitously expressed. {ECO:0000269PubMed:16079795}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 522 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 17 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR001327
Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, NAD-binding domain IPR002937 Amine oxidase IPR003953 FAD binding domain IPR006076 FAD dependent oxidoreductase IPR007526 SWIRM domain IPR009057 Homeodomain-like IPR017366 Histone lysine-specific demethylase |
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PFAM |
PF00070
PF01593 PF00890 PF01266 PF04433 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PIRSF |
PIRSF038051
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SMART | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | O60341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-O60341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 23028 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.591518 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_055828 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:29079 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 609132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS30627 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 09800 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AB011173 AL031428 AL833812 BC016639 BC025362 BC040194 BC048134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAH16639 AAH25362 AAH40194 AAH48134 BAA25527 CAD38675 CAI19707 CAI19708 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||