Bos taurus Gene: VDR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-633008.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | VDR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | Vitamin D3 receptor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bos taurus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSBTAG00000016414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
Vitamin D3 receptor
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Annotation from Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
[Homo sapiens] VDR, vitamin D receptor, deletion leads to reduced level of NFKBIA protein through protein translation, protein-protein interaction, and post-translational modification.
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Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000111424:
This gene encodes the nuclear hormone receptor for vitamin D3. This receptor also functions as a receptor for the secondary bile acid lithocholic acid. The receptor belongs to the family of trans-acting transcriptional regulatory factors and shows sequence similarity to the steroid and thyroid hormone receptors. Downstream targets of this nuclear hormone receptor are principally involved in mineral metabolism though the receptor regulates a variety of other metabolic pathways, such as those involved in the immune response and cancer. Mutations in this gene are associated with type II vitamin D-resistant rickets. A single nucleotide polymorphism in the initiation codon results in an alternate translation start site three codons downstream. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different proteins. [provided by RefSeq, Feb 2011] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 5:32550521-32606144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 0 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 100 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Mus musculus
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Gene ID
Gene Order
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Generic Transcription Pathway pathway
Gene Expression pathway
Nuclear Receptor transcription pathway pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH |
TGF_beta_Receptor pathway
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REACTOME |
Nuclear Receptor transcription pathway pathway
Generic Transcription Pathway pathway
Gene Expression pathway
Nuclear Receptor transcription pathway pathway
Gene Expression pathway
Generic Transcription Pathway pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI |
RXR and RAR heterodimerization with other nuclear receptor
Direct p53 effectors
Retinoic acid receptors-mediated signaling
Regulation of nuclear SMAD2/3 signaling
Validated transcriptional targets of deltaNp63 isoforms
Validated transcriptional targets of TAp63 isoforms
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q28037 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | G5E5J5 Q19MM0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 533656 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Bt.61412 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001167932 XM_005206391 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AAFC03056593 DAAA02012986 DQ519355 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | ABF68772 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 533656 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||