Mus musculus Protein: Arl13b | |||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-170244.6 | ||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Arl13b | ||||||||||||||||||||||||
Protein Name | ADP-ribosylation factor-like 13B | ||||||||||||||||||||||||
Synonyms | A530097K21Rik; A930014M17Rik; Arl2l1; C530009C10Rik; hnn; | ||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSMUSP00000086703 | ||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-170242 (Arl13b) | ||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||
Function | Cilium-specific protein required to control the microtubule-based, ciliary axoneme structure. May act by maintaining the association between IFT subcomplexes A and B. Binds GTP but is not able to hydrolyze it; the GTPase activity remains unclear. Required to pattern the neural tube. Involved in cerebral cortex development: required for the initial formation of a polarized radial glial scaffold, the first step in the construction of the cerebral cortex, by regulating ciliary signaling (PubMed:23817546). Regulates the migration and placement of postmitotic interneurons in the developing cerebral cortex (PubMed:23153492). {ECO:0000269PubMed:17488627, ECO:0000269PubMed:21539826, ECO:0000269PubMed:21976698, ECO:0000269PubMed:22554696, ECO:0000269PubMed:23014696, ECO:0000269PubMed:23153492, ECO:0000269PubMed:23817546}. | ||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Cell projection, cilium membrane {ECO:0000269PubMed:17488627, ECO:0000269PubMed:20231383, ECO:0000269PubMed:21976698, ECO:0000269PubMed:23153492, ECO:0000269PubMed:23817546, ECO:0000269PubMed:24120134, ECO:0000269PubMed:24339792}; Lipid-anchor {ECO:0000269PubMed:17488627, ECO:0000269PubMed:20231383, ECO:0000269PubMed:21976698, ECO:0000269PubMed:23153492, ECO:0000269PubMed:23817546, ECO:0000269PubMed:24120134, ECO:0000269PubMed:24339792}. Note=Associates to the cilium membrane via palmitoylation. Localizes to proximal ciliary membranes, to an inversin-like subciliary membrane compartment, excluding the transition zone. | ||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | Cilium-specific protein. Expressed in neuroepithelial cells and developing radial glia of the developing cerebral cortex: present in both neuroepithelial and radial progenitor cells. In radial progenitors, found in the apical, cell soma domains of these cells (at protein level). Expressed in the primary cilia of postmitotic cortical neurons during embryonic and postnatal development. {ECO:0000269PubMed:23153492, ECO:0000269PubMed:23817546}. | ||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 0 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 1 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||
PDB ID | MGI:1915396 | ||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR001806
Small GTPase superfamily IPR005225 Small GTP-binding protein domain IPR006687 Small GTPase superfamily, SAR1-type IPR006689 Small GTPase superfamily, ARF/SAR type IPR019009 Signal recognition particle receptor, beta subunit IPR024156 Small GTPase superfamily, ARF type IPR027417 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase |
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PFAM |
PF00071
PF00025 PF09439 |
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PRINTS |
PR00449
PR00328 |
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PIRSF | |||||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00178
SM00177 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q640N2 | ||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-Q640N2 | ||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | Q9CUD0 | ||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 68146 | ||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.96833 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_080853 | ||||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | Arl13b | ||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS28261 | ||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||
EMBL | AC154309 AK016794 BC082574 CH466521 | ||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAH82574 BAB30434 EDK98235 | ||||||||||||||||||||||||