Mus musculus Protein: Vps39 | |||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-200654.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Vps39 | ||||||||||||||||||||||
Protein Name | vacuolar protein sorting 39 (yeast) | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSMUSP00000028752 | ||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-200650 (Vps39) | ||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||
Function | May play a role in clustering and fusion of late endosomes and lysosomes (By similarity). Regulator of TGF- beta/activin signaling, inhibiting SMAD3- and activating SMAD2- dependent transcription. Acts by interfering with SMAD3/SMAD4 complex formation, this would lead to inhibition of SMAD3- dependent transcription and relieve SMAD3 inhibition of SMAD2- dependent promoters, thus increasing SMAD2-dependent transcription (By similarity). {ECO:0000250}. | ||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Cytoplasm {ECO:0000250}. Lysosome membrane {ECO:0000250}; Peripheral membrane protein {ECO:0000250}. Late endosome membrane {ECO:0000250}; Peripheral membrane protein {ECO:0000250}. | ||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | |||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 4 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 9 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||
PDB ID | MGI:2443189 | ||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR000547
Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat IPR001180 Citron-like IPR017986 WD40-repeat-containing domain IPR019452 Vacuolar sorting protein 39/Transforming growth factor beta receptor-associated domain 1 IPR019453 Vacuolar sorting protein 39/Transforming growth factor beta receptor-associated domain 2 |
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PFAM |
PF00637
PF00780 PF10366 PF10367 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||
PIRSF | |||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00299
SM00036 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q8R5L3 | ||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-Q8R5L3 | ||||||||||||||||||||||
TrEMBL | Q5KU38 | ||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 269338 | ||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.246131 | ||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_849182 | ||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | Vps39 | ||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS16619 | ||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
EMBL | AB028844 AF281050 AF281051 AK038824 AK170831 AK171008 BC007479 | ||||||||||||||||||||||
GenPept | AAH07479 AAL79766 AAL79767 BAC30140 BAD88411 BAE42059 BAE42179 | ||||||||||||||||||||||