Homo sapiens Protein: KDM2B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-61790.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | KDM2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | lysine (K)-specific demethylase 2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000366269 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-61786 (KDM2B) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Histone demethylase that demethylates 'Lys-4' and 'Lys- 36' of histone H3, thereby playing a central role in histone code. Preferentially demethylates trimethylated H3 'Lys-4' and dimethylated H3 'Lys-36' residue while it has weak or no activity for mono- and tri-methylated H3 'Lys-36'. Preferentially binds the transcribed region of ribosomal RNA and represses the transcription of ribosomal RNA genes which inhibits cell growth and proliferation. May also serve as a substrate-recognition component of the SCF (SKP1-CUL1-F-box protein)-type E3 ubiquitin ligase complex. {ECO:0000269PubMed:16362057, ECO:0000269PubMed:17994099}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus, nucleolus {ECO:0000269PubMed:17994099}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 20 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 17 interaction(s) predicted by orthology.
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological Process |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cellular Component |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR001810
F-box domain IPR001965 Zinc finger, PHD-type IPR002857 Zinc finger, CXXC-type IPR003347 JmjC domain IPR006553 Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype IPR011011 Zinc finger, FYVE/PHD-type IPR019787 Zinc finger, PHD-finger |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PFAM |
PF00646
PF12937 PF13013 PF02008 PF02373 PF08007 PF00628 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRINTS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PIRSF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00256
SM00249 SM00558 SM00367 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q8NHM5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-Q8NHM5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | F5H7T7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 84678 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.524800 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_001005366 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:13610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 609078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS41849 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 12362 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AB031230 AC048337 AC073650 AC145422 AJ459424 AK027440 AK027692 AK074718 AK127328 AL133572 BC008735 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAH08735 BAA97672 BAB55112 BAB55301 BAC11159 BAG54483 CAB63721 CAD30700 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||