Homo sapiens Protein: DDX42 | |||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-63649.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | DDX42 | ||||||||||||||||||||||
Protein Name | DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 42 | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | DDX42P; RHELP; RNAHP; SF3b125; SF3B8; | ||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSP00000352308 | ||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-63647 (DDX42) | ||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||
Function | ATP-dependent RNA helicase. Binds to partially double- stranded RNAs (dsRNAs) in order to unwind RNA secondary structures. Unwinding is promoted in the presence of single-strand binding proteins. Mediates also RNA duplex formation thereby displacing the single-strand RNA binding protein. ATP and ADP modulate its activity: ATP binding and hydrolysis by DDX42 triggers RNA strand separation, whereas the ADP-bound form of the protein triggers annealing of complementary RNA strands. Involved in the survival of cells by interacting with TP53BP2 and thereby counteracting the apoptosis-stimulating activity of TP53BP2. Relocalizes TP53BP2 to the cytoplasm. {ECO:0000269PubMed:16397294, ECO:0000269PubMed:19377511}. | ||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Cytoplasm. Nucleus speckle. Nucleus, Cajal body. Note=Isoform 2 is present in Cajal bodies (CBs) and nuclear speckles. | ||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | Expressed in several cell lines (at protein level). Expressed in liver, lung, tonsil, thymus, muscle and pancreatic islets. {ECO:0000269PubMed:10727850, ECO:0000269PubMed:16397294}. | ||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 46 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 1 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR001650
Helicase, C-terminal IPR011545 DEAD/DEAH box helicase domain IPR014001 Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain IPR014014 RNA helicase, DEAD-box type, Q motif IPR027417 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase |
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PFAM |
PF00271
PF00270 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||
PIRSF | |||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00490
SM00487 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q86XP3 | ||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite-Q86XP3 | ||||||||||||||||||||||
TrEMBL | B3KMI4 | ||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 11325 | ||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.731874 | ||||||||||||||||||||||
RefSeq | |||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:18676 | ||||||||||||||||||||||
OMIM | 613369 | ||||||||||||||||||||||
CCDS | |||||||||||||||||||||||
HPRD | 09909 | ||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
EMBL | AB036090 AC015651 AF083255 AK001964 AK292908 AL050096 BC008208 BC015505 BC078667 BC093081 BK000566 CH471109 | ||||||||||||||||||||||
GenPept | AAC32396 AAH08208 AAH15505 AAH78667 AAH93081 BAC66466 BAF85597 BAG50996 CAB43268 DAA00077 EAW94277 | ||||||||||||||||||||||