Bos taurus Protein: DDX1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Protein | IDBP-689837.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | DDX1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Name | ATP-dependent RNA helicase DDX1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bos taurus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Protein | ENSBTAP00000013075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-637790 (DDX1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function | Acts as an ATP-dependent RNA helicase, able to unwind both RNA-RNA and RNA-DNA duplexes. Possesses 5' single-stranded RNA overhang nuclease activity. Possesses ATPase activity on various RNA, but not DNA polynucleotides. May play a role in RNA clearance at DNA double-strand breaks (DSBs), thereby facilitating the template-guided repair of transcriptionally active regions of the genome. Together with RELA, acts as a coactivator to enhance NF-kappa-B-mediated transcriptional activation. Acts as a positive transcriptional regulator of cyclin CCND2 expression. Binds to the cyclin CCND2 promoter region. Associates with chromatin at the NF- kappa-B promoter region via association with RELA. Binds to poly(A) RNA. May be involved in 3'-end cleavage and polyadenylation of pre-mRNAs. Component of the tRNA-splicing ligase complex required to facilitate the enzymatic turnover of catalytic subunit RTCB: together with archease (ZBTB8OS), acts by facilitating the guanylylation of RTCB, a key intermediate step in tRNA ligation (By similarity). {ECO:0000250}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Subcellular Localization | Nucleus {ECO:0000250}. Cytoplasm {ECO:0000250}. Cytoplasmic granule {ECO:0000250}. Note=Localized with MBNL1, TIAL1 and YBX1 in stress granules upon stress. Localized with CSTF2 in cleavage bodies. Forms large aggregates called DDX1 bodies. Relocalized into multiple foci (IR-induced foci or IRIF) after IR treatment, a process that depends on the presence of chromosomal DNA and/or RNA-DNA duplexes. Relocalized at sites of DNA double-strand breaks (DSBs) in an ATM-dependent manner after IR treatment. Colocalized with RELA in the nucleus upon TNF-alpha induction. Enters into the nucleus in case of active transcription while it accumulates in cytosol when transcription level is low (By similarity). {ECO:0000250}. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue Specificity | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 0 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 74 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Protein Structure and Domains | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InterPro |
IPR001650
Helicase, C-terminal IPR001870 B30.2/SPRY domain IPR003877 SPRY domain IPR008985 Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily IPR011545 DEAD/DEAH box helicase domain IPR014001 Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain IPR014014 RNA helicase, DEAD-box type, Q motif IPR027417 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase |
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PFAM |
PF00271
PF00622 PF00270 |
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PRINTS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PIRSF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART |
SM00490
SM00449 SM00487 |
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TIGRFAMs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Post-translational Modifications | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Modification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q0IIK5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PhosphoSite | PhosphoSite- | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 510816 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Bt.1784 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NP_001068936 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | BC122599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | AAI22600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||