Homo sapiens Gene: PDZK1 | |||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-101779.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | PDZK1 | ||||||||||||||||||||||
Gene Name | PDZ domain containing 1 | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | CAP70; CLAMP; NHERF-3; NHERF3; PDZD1 | ||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000174827 | ||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
PDZ domain containing 1
PDZ domain containing 1
PDZ domain containing 1
PDZ domain containing 1
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene encodes a PDZ domain-containing scaffolding protein. PDZ domain-containing molecules bind to and mediate the subcellular localization of target proteins. The encoded protein mediates the localization of cell surface proteins and plays a critical role in cholesterol metabolism by regulating the HDL receptor, scavenger receptor class B type 1. Single nucleotide polymorphisms in this gene may be associated with metabolic syndrome, and overexpression of this gene may play a role in drug resistance of multiple myeloma. Pseudogenes of this gene are located on the long arm of chromosome 1. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2011] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 1:145670852-145708148 | ||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||
Band | q21.1 | ||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 36 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 2 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||
REACTOME | |||||||||||||||||||||||
KEGG | |||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | Q5T2W1 | ||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 5174 | ||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.444751 Hs.709809 | ||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001201325 NM_001201326 NM_002614 | ||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:8821 | ||||||||||||||||||||||
OMIM | 603831 | ||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS72859 CCDS72860 | ||||||||||||||||||||||
HPRD | 04829 | ||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
EMBL | AF012281 AK298269 AL390725 BC006496 BC006518 | ||||||||||||||||||||||
GenPept | AAC12264 AAH06496 AAH06518 BAG60531 CAI13715 CAI13716 | ||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 5174 | ||||||||||||||||||||||