Mus musculus Gene: Smarca5 | |||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-171022.6 | ||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Smarca5 | ||||||||||||||||||||||||
Gene Name | SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 5 | ||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 4933427E24Rik; D030040M08Rik; D330027N15Rik; MommeD4; Snf2h | ||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000031715 | ||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 5
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000153147:
The protein encoded by this gene is a member of the SWI/SNF family of proteins. Members of this family have helicase and ATPase activities and are thought to regulate transcription of certain genes by altering the chromatin structure around those genes. The protein encoded by this gene is a component of the chromatin remodeling and spacing factor RSF, a facilitator of the transcription of class II genes by RNA polymerase II. The encoded protein is similar in sequence to the Drosophila ISWI chromatin remodeling protein. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 8:80698507-80739497 | ||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||
Band | C2 | ||||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 30 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 74 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Mus musculus biological processes pathway
NoRC negatively regulates rRNA expression pathway
Chromosome Maintenance pathway
Cell Cycle pathway
NoRC negatively regulates rRNA expression pathway
Epigenetic regulation of gene expression pathway
Gene Expression pathway
Negative epigenetic regulation of rRNA expression pathway
Nucleosome assembly pathway
Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||
Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere pathway
Chromosome Maintenance pathway
Nucleosome assembly pathway
Epigenetic regulation of gene expression pathway
NoRC negatively regulates rRNA expression pathway
Cell Cycle pathway
Gene Expression pathway
Negative epigenetic regulation of rRNA expression pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.246803 Mm.295882 Mm.404315 Mm.424988 Mm.454139 Mm.483622 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_053124 | ||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS22442 | ||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | |||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||