Homo sapiens Gene: LSM2 | |||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-79227.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | LSM2 | ||||||||||||||||||||||
Gene Name | LSM2 homolog, U6 small nuclear RNA associated (S. cerevisiae) | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000204392 | ||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
LSM2 homolog, U6 small nuclear RNA associated (S. cerevisiae)
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene encodes a member of the LSm family of RNA-binding proteins. LSm proteins form stable heteromers that bind specifically to the 3'-terminal oligo(U) tract of U6 snRNA and may play a role in pre-mRNA splicing by mediating U4/U6 snRNP formation. Pseudogenes of this gene are located on the short arm of chromosomes 6 and 19. [provided by RefSeq, Nov 2011] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 6:31797396-31806984 | ||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||
Band | p21.33 | ||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 67 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 1 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||
REACTOME |
mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease pathway
mRNA Splicing - Major Pathway pathway
mRNA Splicing - Minor Pathway pathway
Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA pathway
Deadenylation-dependent mRNA decay pathway
mRNA Splicing pathway
Gene Expression pathway
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KEGG |
RNA degradation pathway
Spliceosome pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.618091 | ||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_021177 | ||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS4722 | ||||||||||||||||||||||
HPRD | 06282 | ||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||