Homo sapiens Gene: PRDM16 | |||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-86547.6 | ||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | PRDM16 | ||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | PR domain containing 16 | ||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000142611 | ||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
PR domain containing 16
PR domain containing 16
PR domain containing 16
PR domain containing 16
PR domain containing 16
PR domain containing 16
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||
Summary |
The reciprocal translocation t(1;3)(p36;q21) occurs in a subset of myelodysplastic syndrome (MDS) and acute myeloid leukemia (AML). This gene is located near the 1p36.3 breakpoint and has been shown to be specifically expressed in the t(1:3)(p36,q21)-positive MDS/AML. The protein encoded by this gene is a zinc finger transcription factor and contains an N-terminal PR domain. The translocation results in the overexpression of a truncated version of this protein that lacks the PR domain, which may play an important role in the pathogenesis of MDS and AML. Alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been reported. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 1:3069168-3438621 | ||||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||||
Band | p36.32 | ||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 5 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 5 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | U3KQL6 | ||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | 63976 | ||||||||||||||||||||||||||
UniGene | |||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_022114 NM_199454 XM_005244772 XM_005244773 XM_006710814 | ||||||||||||||||||||||||||
HUGO | HGNC:14000 | ||||||||||||||||||||||||||
OMIM | 605557 | ||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS41236 CCDS44048 | ||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||
EMBL | AL008733 AL354743 AL512383 AL590438 | ||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | 63976 | ||||||||||||||||||||||||||