Version 5.4
| Homo sapiens Gene: COL16A1 | |||||||||||||||||||
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| Summary | |||||||||||||||||||
| InnateDB Gene | IDBG-95481.5 | ||||||||||||||||||
| Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||
| Gene Symbol | COL16A1 | ||||||||||||||||||
| Gene Name | collagen, type XVI, alpha 1 | ||||||||||||||||||
| Synonyms | 447AA | ||||||||||||||||||
| Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||
| Ensembl Gene | ENSG00000084636 | ||||||||||||||||||
| Encoded Proteins |
collagen, type XVI, alpha 1
collagen, type XVI, alpha 1
collagen, type XVI, alpha 1
collagen, type XVI, alpha 1
collagen, type XVI, alpha 1
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| Protein Structure | |||||||||||||||||||
| Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||
| Entrez Gene | |||||||||||||||||||
| Summary |
This gene encodes the alpha chain of type XVI collagen, a member of the FACIT collagen family (fibril-associated collagens with interrupted helices). Members of this collagen family are found in association with fibril-forming collagens such as type I and II, and serve to maintain the integrity of the extracellular matrix. High levels of type XVI collagen have been found in fibroblasts and keratinocytes, and in smooth muscle and amnion. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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| Gene Information | |||||||||||||||||||
| Type | Protein coding | ||||||||||||||||||
| Genomic Location | Chromosome 1:31652247-31704319 | ||||||||||||||||||
| Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||
| Band | p35.2 | ||||||||||||||||||
| Transcripts | |||||||||||||||||||
| Interactions | |||||||||||||||||||
| Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 3 experimentally validated interaction(s) in this database.
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| Gene Ontology | |||||||||||||||||||
Molecular Function |
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| Biological Process |
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| Cellular Component |
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| Orthologs | |||||||||||||||||||
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Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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| Pathways | |||||||||||||||||||
| NETPATH | |||||||||||||||||||
| REACTOME |
Integrin cell surface interactions pathway
Collagen biosynthesis and modifying enzymes pathway
Collagen degradation pathway
Extracellular matrix organization pathway
Degradation of the extracellular matrix pathway
Collagen formation pathway
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| KEGG | |||||||||||||||||||
| INOH |
Integrin signaling pathway pathway
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| PID NCI | |||||||||||||||||||
| Cross-References | |||||||||||||||||||
| SwissProt | |||||||||||||||||||
| TrEMBL | H7BY97 | ||||||||||||||||||
| UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||
| Entrez Gene | 1307 | ||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.368921 | ||||||||||||||||||
| RefSeq | NM_001856 | ||||||||||||||||||
| HUGO | HGNC:2193 | ||||||||||||||||||
| OMIM | 120326 | ||||||||||||||||||
| CCDS | CCDS41297 | ||||||||||||||||||
| HPRD | 00381 | ||||||||||||||||||
| IMGT | |||||||||||||||||||
| EMBL | AC114488 | ||||||||||||||||||
| GenPept | |||||||||||||||||||
| RNA Seq Atlas | 1307 | ||||||||||||||||||