Mus musculus Gene: Kdm4a | |||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-180637.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Kdm4a | ||||||||||||||||||||||
Gene Name | lysine (K)-specific demethylase 4A | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000033326 | ||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
lysine (K)-specific demethylase 4A
lysine (K)-specific demethylase 4A
lysine (K)-specific demethylase 4A
lysine (K)-specific demethylase 4A
|
||||||||||||||||||||||
Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||
InnateDB Annotation | |||||||||||||||||||||||
Summary |
The noncanonical NFκB pathway regulates histone modifications at the Ifnb1 promoter resulting in attenuated recruitment of Rela and histone demethylase, Kdm4a, to the Ifnb1 promoter. This provides a mechanism for regulating the induction of type I interferons .
|
||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000066135:
This gene is a member of the Jumonji domain 2 (JMJD2) family and encodes a protein containing a JmjN domain, a JmjC domain, a JD2H domain, two TUDOR domains, and two PHD-type zinc fingers. This nuclear protein functions as a trimethylation-specific demethylase, converting specific trimethylated histone residues to the dimethylated form, and as a transcriptional repressor. [provided by RefSeq, Apr 2009] |
||||||||||||||||||||||
Gene Information | |||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 4:118136957-118180043 | ||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||
Band | D2.1 | ||||||||||||||||||||||
Transcripts |
|
||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 6 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 11 interaction(s) predicted by orthology.
|
||||||||||||||||||||||
Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
|
||||||||||||||||||||||
Biological Process |
|
||||||||||||||||||||||
Cellular Component |
|
||||||||||||||||||||||
Orthologs | |||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Bos taurus
|
Gene ID
Gene Order
Not yet available
|
||||||||||||||||||||||
Pathways | |||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Chromatin organization pathway
HDMs demethylate histones pathway
Chromatin modifying enzymes pathway
|
||||||||||||||||||||||
KEGG | |||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||
Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||
REACTOME |
HDMs demethylate histones pathway
Chromatin organization pathway
Chromatin modifying enzymes pathway
|
||||||||||||||||||||||
KEGG | |||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.234234 | ||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001161823 NM_172382 XM_006503010 XM_006503011 | ||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS18545 CCDS51282 | ||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | |||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||