Mus musculus Gene: Tarbp2 | |||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-188971.6 | ||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Tarbp2 | ||||||||||||||||||||||
Gene Name | TAR (HIV) RNA binding protein 2 | ||||||||||||||||||||||
Synonyms | Prbp; TRBP | ||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000023051 | ||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
TAR (HIV) RNA binding protein 2
TAR (HIV) RNA binding protein 2
TAR (HIV) RNA binding protein 2
TAR (HIV) RNA binding protein 2
TAR (HIV) RNA binding protein 2
TAR (HIV) RNA binding protein 2
TAR (HIV) RNA binding protein 2
TAR (HIV) RNA binding protein 2
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000139546:
HIV-1, the causative agent of acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), contains an RNA genome that produces a chromosomally integrated DNA during the replicative cycle. Activation of HIV-1 gene expression by the transactivator Tat is dependent on an RNA regulatory element (TAR) located downstream of the transcription initiation site. The protein encoded by this gene binds between the bulge and the loop of the HIV-1 TAR RNA regulatory element and activates HIV-1 gene expression in synergy with the viral Tat protein. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. This gene also has a pseudogene. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 15:102518192-102523676 | ||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||
Band | F3 | ||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 1 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 21 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||
REACTOME |
MicroRNA (miRNA) biogenesis pathway
Gene Expression pathway
Regulatory RNA pathways pathway
Small interfering RNA (siRNA) biogenesis pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||
Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||
REACTOME |
MicroRNA (miRNA) biogenesis pathway
Small interfering RNA (siRNA) biogenesis pathway
Gene Expression pathway
Regulatory RNA pathways pathway
MicroRNA (miRNA) biogenesis pathway
Gene Expression pathway
Small interfering RNA (siRNA) biogenesis pathway
Regulatory RNA pathways pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.291485 | ||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001253795 NM_009319 XM_006520719 XM_006520721 XM_006520724 | ||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS27886 CCDS57013 | ||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | |||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||