Mus musculus Gene: Kdm1a | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-198084.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Kdm1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | lysine (K)-specific demethylase 1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 1810043O07Rik; AA408884; Aof2; D4Ertd478e; Kdm1; Lsd1; mKIAA0601 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000036940 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
lysine (K)-specific demethylase 1A
lysine (K)-specific demethylase 1A
lysine (K)-specific demethylase 1A
lysine (K)-specific demethylase 1A
lysine (K)-specific demethylase 1A
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Annotation from Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
[Homo sapiens] Lysine-specific demethylase 1 (KDM1) is part of a repressor complex, along with key components that include histone deacetylase 1 or 2, RE-1 silencing transcription factor (REST), and co-repressor of REST (RCOR1). The KDM1/HDAC/REST/RCOR1 repressor complex is a significant component of host innate immunity.
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Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000004487:
This gene encodes a nuclear protein containing a SWIRM domain, a FAD-binding motif, and an amine oxidase domain. This protein is a component of several histone deacetylase complexes, though it silences genes by functioning as a histone demethylase. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Apr 2009] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 4:136550540-136602723 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | D3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 46 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 98 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Chromatin organization pathway
Hemostasis pathway
HDMs demethylate histones pathway
Chromatin modifying enzymes pathway
Factors involved in megakaryocyte development and platelet production pathway
HDACs deacetylate histones pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH |
AndrogenReceptor pathway
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REACTOME |
Factors involved in megakaryocyte development and platelet production pathway
HDMs demethylate histones pathway
HDACs deacetylate histones pathway
Chromatin organization pathway
Chromatin modifying enzymes pathway
Hemostasis pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI |
Coregulation of Androgen receptor activity
Notch-mediated HES/HEY network
Notch signaling pathway
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.28540 Mm.411503 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_133872 XM_006539329 XM_006539330 XM_006539331 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS51331 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||