Mus musculus Gene: Hdac5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-212520.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Hdac5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | histone deacetylase 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | AI426555; Hdac4; mHDA1; mKIAA0600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000008855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
histone deacetylase 5
histone deacetylase 5
histone deacetylase 5
histone deacetylase 5
histone deacetylase 5
histone deacetylase 5
histone deacetylase 5
histone deacetylase 5
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000108840:
Histones play a critical role in transcriptional regulation, cell cycle progression, and developmental events. Histone acetylation/deacetylation alters chromosome structure and affects transcription factor access to DNA. The protein encoded by this gene belongs to the class II histone deacetylase/acuc/apha family. It possesses histone deacetylase activity and represses transcription when tethered to a promoter. It coimmunoprecipitates only with HDAC3 family member and might form multicomplex proteins. It also interacts with myocyte enhancer factor-2 (MEF2) proteins, resulting in repression of MEF2-dependent genes. This gene is thought to be associated with colon cancer. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 11:102194432-102230166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 17 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 310 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH |
BCR pathway
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REACTOME |
NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription pathway
Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants pathway
Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants pathway
Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant pathway
Signaling by NOTCH1 in Cancer pathway
FBXW7 Mutants and NOTCH1 in Cancer pathway
Signal Transduction pathway
Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants in Cancer pathway
Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants in Cancer pathway
Signaling by NOTCH pathway
Signaling by NOTCH1 pathway
Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants in Cancer pathway
Disease pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
INOH |
TGF-beta signaling pathway
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PID NCI |
Signaling events mediated by HDAC Class II
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.411525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001077696 NM_001284248 NM_001284249 NM_001284250 NM_010412 XM_006532259 XM_006532263 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS36341 CCDS70320 CCDS70321 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||||||||||||