Version 5.4
| Homo sapiens Gene: COL25A1 | |||||||||||||||||||
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| Summary | |||||||||||||||||||
| InnateDB Gene | IDBG-33750.6 | ||||||||||||||||||
| Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||
| Gene Symbol | COL25A1 | ||||||||||||||||||
| Gene Name | collagen, type XXV, alpha 1 | ||||||||||||||||||
| Synonyms | |||||||||||||||||||
| Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||
| Ensembl Gene | ENSG00000188517 | ||||||||||||||||||
| Encoded Proteins |
collagen, type XXV, alpha 1
collagen, type XXV, alpha 1
collagen, type XXV, alpha 1
collagen, type XXV, alpha 1
collagen, type XXV, alpha 1
collagen, type XXV, alpha 1
collagen, type XXV, alpha 1
collagen, type XXV, alpha 1
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| Protein Structure | |||||||||||||||||||
| Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||
| Entrez Gene | |||||||||||||||||||
| Summary |
This gene encodes a brain-specific membrane associated collagen. A product of proteolytic processing of the encoded protein, CLAC (collagenous Alzheimer amyloid plaque component), binds to amyloid beta-peptides found in Alzheimer amyloid plaques but CLAC inhibits rather than facilitates amyloid fibril elongation (PMID: 16300410). A study of over-expression of this collagen in mice, however, found changes in pathology and behavior suggesting that the encoded protein may promote amyloid plaque formation (PMID: 19548013). Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2011] |
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| Gene Information | |||||||||||||||||||
| Type | Protein coding | ||||||||||||||||||
| Genomic Location | Chromosome 4:108810721-109302657 | ||||||||||||||||||
| Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||
| Band | q25 | ||||||||||||||||||
| Transcripts | |||||||||||||||||||
| Interactions | |||||||||||||||||||
| Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 3 experimentally validated interaction(s) in this database.
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| Gene Ontology | |||||||||||||||||||
Molecular Function |
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| Biological Process |
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| Cellular Component |
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| Orthologs | |||||||||||||||||||
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Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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| Pathways | |||||||||||||||||||
| NETPATH | |||||||||||||||||||
| REACTOME |
Collagen biosynthesis and modifying enzymes pathway
Collagen degradation pathway
Extracellular matrix organization pathway
Degradation of the extracellular matrix pathway
Collagen formation pathway
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| KEGG | |||||||||||||||||||
| INOH | |||||||||||||||||||
| PID NCI | |||||||||||||||||||
| Cross-References | |||||||||||||||||||
| SwissProt | |||||||||||||||||||
| TrEMBL | |||||||||||||||||||
| UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||
| Entrez Gene | |||||||||||||||||||
| UniGene | Hs.658842 | ||||||||||||||||||
| RefSeq | NM_001256074 NM_032518 NM_198721 | ||||||||||||||||||
| HUGO | |||||||||||||||||||
| OMIM | |||||||||||||||||||
| CCDS | CCDS43258 CCDS43259 CCDS58922 | ||||||||||||||||||
| HPRD | 09886 | ||||||||||||||||||
| IMGT | |||||||||||||||||||
| EMBL | |||||||||||||||||||
| GenPept | |||||||||||||||||||
| RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||