Homo sapiens Gene: TARBP2 | |||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-36938.6 | ||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | TARBP2 | ||||||||||||||||||||||||
Gene Name | TAR (HIV-1) RNA binding protein 2 | ||||||||||||||||||||||||
Synonyms | LOQS; TRBP; TRBP1; TRBP2 | ||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000139546 | ||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
TAR (HIV-1) RNA binding protein 2
TAR (HIV-1) RNA binding protein 2
TAR (HIV-1) RNA binding protein 2
TAR (HIV-1) RNA binding protein 2
TAR (HIV-1) RNA binding protein 2
TAR (HIV-1) RNA binding protein 2
TAR (HIV-1) RNA binding protein 2
TAR (HIV-1) RNA binding protein 2
TAR (HIV-1) RNA binding protein 2
TAR (HIV-1) RNA binding protein 2
TAR (HIV-1) RNA binding protein 2
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||
Summary |
HIV-1, the causative agent of acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), contains an RNA genome that produces a chromosomally integrated DNA during the replicative cycle. Activation of HIV-1 gene expression by the transactivator Tat is dependent on an RNA regulatory element (TAR) located downstream of the transcription initiation site. The protein encoded by this gene binds between the bulge and the loop of the HIV-1 TAR RNA regulatory element and activates HIV-1 gene expression in synergy with the viral Tat protein. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. This gene also has a pseudogene. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 12:53500921-53506431 | ||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||
Band | q13.13 | ||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 57 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 1 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
MicroRNA (miRNA) biogenesis pathway
Small interfering RNA (siRNA) biogenesis pathway
Gene Expression pathway
Regulatory RNA pathways pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.326 | ||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_004178 NM_134323 NM_134324 XM_005269114 XM_005269115 XM_005269117 XM_005269120 XM_005269122 XM_006719581 | ||||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS41791 CCDS8861 | ||||||||||||||||||||||||
HPRD | 05446 | ||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||