Homo sapiens Gene: APEX1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-2246.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | APEX1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | APE; APE1; APEN; APEX; APX; HAP1; REF1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000100823 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) 1
APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) 1
APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) 1
APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) 1
APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) 1
APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) 1
APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) 1
APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) 1
APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) 1
APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) 1
APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) 1
APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) 1
APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) 1
APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) 1
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
Apurinic/apyrimidinic (AP) sites occur frequently in DNA molecules by spontaneous hydrolysis, by DNA damaging agents or by DNA glycosylases that remove specific abnormal bases. AP sites are pre-mutagenic lesions that can prevent normal DNA replication so the cell contains systems to identify and repair such sites. Class II AP endonucleases cleave the phosphodiester backbone 5' to the AP site. This gene encodes the major AP endonuclease in human cells. Splice variants have been found for this gene; all encode the same protein. [provided by RefSeq, Jul 2008] Apurinic/apyrimidinic (AP) sites occur frequently in DNA molecules by spontaneous hydrolysis, by DNA damaging agents or by DNA glycosylases that remove specific abnormal bases. AP sites are pre-mutagenic lesions that can prevent normal DNA replication so the cell contains systems to identify and repair such sites. Class II AP endonucleases cleave the phosphodiester backbone 5\' to the AP site. This gene encodes the major AP endonuclease in human cells. Splice variants have been found for this gene; all encode the same protein. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 14:20455191-20457772 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | q11.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 88 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 2 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH |
TSH pathway
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REACTOME |
Processive synthesis on the C-strand of the telomere pathway
Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis pathway
Processive synthesis on the lagging strand pathway
Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER pathway
Transcription-coupled NER (TC-NER) pathway
Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER pathway
Resolution of D-loop structures through Holliday junction intermediates pathway
Displacement of DNA glycosylase by APE1 pathway
Base-free sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway pathway
Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway pathway
Removal of DNA patch containing abasic residue pathway
Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway pathway
DNA Replication pathway
Synthesis of DNA pathway
Homologous Recombination Repair pathway
Resolution of Abasic Sites (AP sites) pathway
S Phase pathway
Chromosome Maintenance pathway
Global Genomic NER (GG-NER) pathway
Telomere Maintenance pathway
Double-Strand Break Repair pathway
Cell Cycle pathway
Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) pathway
Resolution of D-loop structures pathway
Base Excision Repair pathway
Homologous recombination repair of replication-independent double-strand breaks pathway
Cell Cycle, Mitotic pathway
DNA strand elongation pathway
Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) pathway
Mismatch Repair pathway
Extension of Telomeres pathway
Lagging Strand Synthesis pathway
Nucleotide Excision Repair pathway
DNA Repair pathway
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KEGG |
Base excision repair pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI |
HIF-2-alpha transcription factor network
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.73722 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001244249 NM_001641 NM_080648 NM_080649 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS9550 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 00136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||