Mus musculus Gene: Sdcbp | |||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-128595.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Sdcbp | ||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | syndecan binding protein | ||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | MDA-9; Sycl; syntenin-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000028249 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
syndecan binding protein
syndecan binding protein
syndecan binding protein
syndecan binding protein
syndecan binding protein
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000137575:
The protein encoded by this gene was initially identified as a molecule linking syndecan-mediated signaling to the cytoskeleton. The syntenin protein contains tandemly repeated PDZ domains that bind the cytoplasmic, C-terminal domains of a variety of transmembrane proteins. This protein may also affect cytoskeletal-membrane organization, cell adhesion, protein trafficking, and the activation of transcription factors. The protein is primarily localized to membrane-associated adherens junctions and focal adhesions but is also found at the endoplasmic reticulum and nucleus. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 4:6365650-6408423 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Forward strand | ||||||||||||||||||||||||||||||
Band | A1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 9 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 27 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
EPH-Ephrin signaling pathway
Axon guidance pathway
L1CAM interactions pathway
Developmental Biology pathway
Ephrin signaling pathway
Neurofascin interactions pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||
Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH |
EGFR1 pathway
TCR pathway
IL5 pathway
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REACTOME |
Neurofascin interactions pathway
L1CAM interactions pathway
Developmental Biology pathway
Axon guidance pathway
Ephrin signaling pathway
EPH-Ephrin signaling pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI |
Syndecan-2-mediated signaling events
Syndecan-4-mediated signaling events
Syndecan-1-mediated signaling events
IL5-mediated signaling events
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Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.247473 Mm.439011 Mm.479881 Mm.483278 | ||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001098227 NM_016807 XM_006538084 XM_006538085 | ||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS17951 CCDS51110 | ||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | |||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||||||||