Mus musculus Gene: Arid1a | |||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-195347.6 | ||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Arid1a | ||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | AT rich interactive domain 1A (SWI-like) | ||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 1110030E03Rik; BAF250a; Osa1; Smarcf1 | ||||||||||||||||||||||||||||
Species | Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000007880 | ||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
AT rich interactive domain 1A (SWI-like)
AT rich interactive domain 1A (SWI-like)
AT rich interactive domain 1A (SWI-like)
AT rich interactive domain 1A (SWI-like)
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
This gene does not have any Entrez summary - the following is the summary from its human ortholog ENSG00000117713:
This gene encodes a member of the SWI/SNF family, whose members have helicase and ATPase activities and are thought to regulate transcription of certain genes by altering the chromatin structure around those genes. The encoded protein is part of the large ATP-dependent chromatin remodeling complex SNF/SWI, which is required for transcriptional activation of genes normally repressed by chromatin. It possesses at least two conserved domains that could be important for its function. First, it has a DNA-binding domain that can specifically bind an AT-rich DNA sequence known to be recognized by a SNF/SWI complex at the beta-globin locus. Second, the C-terminus of the protein can stimulate glucocorticoid receptor-dependent transcriptional activation. It is thought that the protein encoded by this gene confers specificity to the SNF/SWI complex and may recruit the complex to its targets through either protein-DNA or protein-protein interactions. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 4:133679008-133756769 | ||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||||||
Band | D2.3 | ||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts |
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Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 30 experimentally validated interaction(s) in this database.
They are also associated with 43 interaction(s) predicted by orthology.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||
Species
Homo sapiens
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Chromatin organization pathway
Chromatin modifying enzymes pathway
RMTs methylate histone arginines pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||
Pathway Predictions based on Human Orthology Data | |||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Chromatin organization pathway
RMTs methylate histone arginines pathway
Chromatin modifying enzymes pathway
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KEGG | |||||||||||||||||||||||||||||
INOH | |||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Mm.22478 Mm.470926 Mm.473166 | ||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001080819 XM_006539325 XM_006539326 XM_006539327 | ||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS38908 | ||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | |||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||
MGI ID | |||||||||||||||||||||||||||||
MGI Symbol | |||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||||||