Homo sapiens Gene: LIG1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-60038.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | LIG1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | ligase I, DNA, ATP-dependent | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000105486 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
ligase I, DNA, ATP-dependent
ligase I, DNA, ATP-dependent
ligase I, DNA, ATP-dependent
ligase I, DNA, ATP-dependent
ligase I, DNA, ATP-dependent
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
LIG1 encodes DNA ligase I, with functions in DNA replication and the base excision repair process. Mutations in LIG1 that lead to DNA ligase I deficiency result in immunodeficiency and increased sensitivity to DNA-damaging agents. [provided by RefSeq, Jul 2008] This gene encodes a member of the ATP-dependent DNA ligase protein family. The encoded protein functions in DNA replication, recombination, and the base excision repair process. Mutations in this gene that lead to DNA ligase I deficiency result in immunodeficiency and increased sensitivity to DNA-damaging agents. Disruption of this gene may also be associated with a variety of cancers. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2014] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 19:48115445-48170603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Band | q13.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 13 experimentally validated interaction(s) in this database.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REACTOME |
Processive synthesis on the C-strand of the telomere pathway
Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis pathway
Processive synthesis on the lagging strand pathway
Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER pathway
Transcription-coupled NER (TC-NER) pathway
Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER pathway
Resolution of D-loop structures through Holliday junction intermediates pathway
Removal of DNA patch containing abasic residue pathway
Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway pathway
DNA Replication pathway
Synthesis of DNA pathway
Homologous Recombination Repair pathway
Resolution of Abasic Sites (AP sites) pathway
S Phase pathway
Chromosome Maintenance pathway
Global Genomic NER (GG-NER) pathway
Telomere Maintenance pathway
Double-Strand Break Repair pathway
Cell Cycle pathway
Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) pathway
Resolution of D-loop structures pathway
Base Excision Repair pathway
Homologous recombination repair of replication-independent double-strand breaks pathway
Cell Cycle, Mitotic pathway
DNA strand elongation pathway
Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) pathway
Mismatch Repair pathway
Extension of Telomeres pathway
Lagging Strand Synthesis pathway
Nucleotide Excision Repair pathway
DNA Repair pathway
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KEGG |
DNA replication pathway
Nucleotide excision repair pathway
Mismatch repair pathway
Base excision repair pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.1770 Hs.603078 Hs.623500 Hs.738849 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_000234 NM_001289063 NM_001289064 XM_005258934 XM_006723215 XM_006723216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS12711 CCDS74409 CCDS74410 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HPRD | 00534 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||