Homo sapiens Gene: XRN1 | |||||||||||||||||||||
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Summary | |||||||||||||||||||||
InnateDB Gene | IDBG-59457.6 | ||||||||||||||||||||
Last Modified | 2014-10-13 [Report errors or provide feedback] | ||||||||||||||||||||
Gene Symbol | XRN1 | ||||||||||||||||||||
Gene Name | 5'-3' exoribonuclease 1 | ||||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||||
Species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSG00000114127 | ||||||||||||||||||||
Encoded Proteins |
5'-3' exoribonuclease 1
5'-3' exoribonuclease 1
5'-3' exoribonuclease 1
5'-3' exoribonuclease 1
5'-3' exoribonuclease 1
5'-3' exoribonuclease 1
5'-3' exoribonuclease 1
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Protein Structure | |||||||||||||||||||||
Useful resources | Stemformatics EHFPI ImmGen | ||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||
Summary |
SEP1 localizes to cytoplasmic foci containing a complex of mRNA-degrading enzymes. In addition to mRNA metabolism, yeast Sep1 has been implicated in a variety of nuclear and cytoplasmic functions, including homologous recombination, meiosis, telomere maintenance, and microtubule assembly.[supplied by OMIM, Apr 2004] |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||
Type | Protein coding | ||||||||||||||||||||
Genomic Location | Chromosome 3:142306607-142448062 | ||||||||||||||||||||
Strand | Reverse strand | ||||||||||||||||||||
Band | q23 | ||||||||||||||||||||
Transcripts | |||||||||||||||||||||
Interactions | |||||||||||||||||||||
Number of Interactions |
This gene and/or its encoded proteins are associated with 74 experimentally validated interaction(s) in this database.
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Gene Ontology | |||||||||||||||||||||
Molecular Function |
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Biological Process |
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Cellular Component |
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Orthologs | |||||||||||||||||||||
Species
Mus musculus
Bos taurus
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Gene ID
Gene Order
Not yet available
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Pathways | |||||||||||||||||||||
NETPATH | |||||||||||||||||||||
REACTOME |
Butyrate Response Factor 1 (BRF1) destabilizes mRNA pathway
Tristetraprolin (TTP) destabilizes mRNA pathway
mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease pathway
Deadenylation-dependent mRNA decay pathway
Regulation of mRNA stability by proteins that bind AU-rich elements pathway
Gene Expression pathway
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KEGG |
RNA degradation pathway
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INOH | |||||||||||||||||||||
PID NCI | |||||||||||||||||||||
Cross-References | |||||||||||||||||||||
SwissProt | |||||||||||||||||||||
TrEMBL | |||||||||||||||||||||
UniProt Splice Variant | |||||||||||||||||||||
Entrez Gene | |||||||||||||||||||||
UniGene | Hs.435103 Hs.629790 | ||||||||||||||||||||
RefSeq | NM_001282857 NM_001282859 NM_019001 XM_005247544 XM_006713671 XM_006713673 | ||||||||||||||||||||
HUGO | |||||||||||||||||||||
OMIM | |||||||||||||||||||||
CCDS | CCDS3123 CCDS63801 CCDS75028 | ||||||||||||||||||||
HPRD | 10470 | ||||||||||||||||||||
IMGT | |||||||||||||||||||||
EMBL | |||||||||||||||||||||
GenPept | |||||||||||||||||||||
RNA Seq Atlas | |||||||||||||||||||||